법무부와 대검찰청간의 갈등이 장기화 될 경우 누구에게 도움이 될까. 법무부도 검찰도 아닌 것 같다. 법무부는 정부에서 법무행정을 담당하는 행정부 기관이다. 검찰청은 범죄에 대한 수사와 기소를 담당하는 행정부 기관이다. 법무부와 검찰은 입법부인 국회나 사법부(법원)가 아닌 정부에 속해 있다. 행정부의 설치, 조직과 직무범위는 법률로 정하게 되어 있는데 헌법 96조에 명시된 이 법이 바로 정부조직법이다. 이 법에는 법무부가 검찰, 행형, 인권, 출입국 등 법무에 관한 사무를 담당한다고 되어 있다. 그리고 특별히 검찰에 관한 업무를 담당하기 위해 법무부 장관 소속으로 검찰청을 두고 있다. 검찰청은 법무부의 소속기관으로서 검사에 관한 사무만을 전문적으로 책임지는 기관이라고 할 수 있다.
　
  여기서 검사의 사무란 범죄에 대한 수사와 기소를 포함한 재판과 관련된 사항이다. 따라서 검찰청은 재판과 관련하여 사법부인 법원에 대응하는 기관이라고 할 수 있다. 그래서 검찰청 조직은 법원조직과 같은 구조를 가지고 있다. 각급 검찰청과 지청의 관할구역은 각급 법원과 지방법원 지원의 관할구역에 따른다. 이렇게 보면 법무부는 법무와 관련된 정책과 행정을 폭넓게 수행하면서 법과 제도를 만들고 운영하는 기관인 반면 검찰청은 법무부의 지휘·감독을 받으면서 범죄에 대한 수사와 기소를 전담하는 행정기관이면서 법원에 대응하여 재판을 구성하는 사법기관적 요소도 가진 기관이라고 할 수 있다.
　
  검찰청 법 제8조에 법무부장관은 검찰사무의 최고 감독자로서 일반적으로 검사를 지휘, 감독하고, 구체적 사건에 대하여 검찰총장만을 감독 한다. 법무부장관이 검찰사무를 일반적으로 지휘하고 감독한다는 것은 법무부에서 검찰의 인사, 조직, 예산, 법령에 관한 사항 등을 담당한다는 말이다. 형법, 민법 등 법무행정과 관련한 주요 법률과 규정의 제정과 개정도 법무부에서 담당한다. 결론적으로 법무부와 검찰청은 법무행정을 담당하는 정부기관이라는 점에서는 동일하지만  법무부는 법무행정 전반을 담당하고, 검찰청은 수사와 기소와 같은 검사의 사무를 직접 담당한다는 점에서 차이가 있다.
　
  검찰은 형벌권에 기초한 국가 최고의 법 집행기관으로서, 국민 모두가 안심하고 살 수 있는 깨끗하고 안전한 사회를 만들기 위해 범죄를 수사하고 법을 집행하는 임무를 맡고 있다. 검찰은 범죄 수사를 총괄 지휘하고 기소를 담당하는 수사기관이다. 공직자에 대한 사정기관으로서 역할은 물론 범죄피해자의 피해회복까지 지원함으로써, 진정한 정의가 실현될 수 있도록 노력하고 있다. 사회적 정의의 수호자로서 범죄에 취약한 어린이와 여성을 안전하게 보호하는 법적 울타리가 되고 있다.
　
  검찰 개혁은 검찰 독립성 보장에 있다. 중대범죄사건들을 법무부와 정치권이 나서서 편파수사 정치수사 운운하는 것은 정치 검찰화 하려는 의도로 볼 수밖에 없다. 법무부는 검찰이 바로서야 나라가 바로 선다는 사실을 명심할 필요가 있다. 이제 법무부와 정치권은 검찰 때리기를 멈출 때가 됐다.